太平天国从永安封王到定都南京，所封五王只剩下东王杨秀清、北王韦昌辉、翼王石达开了。众所周知，在太平天国内部洪秀全虽然名义上是最高领导者，但实际上军政大权都握在东王杨秀清手里，杨秀清又有着“天父附体”的政治身份，如此一来就形成了最高领导二元制的局面。
　　有权力的地方就有斗争，太平天国在起事之初内部就存在着权力斗争，由于当时外部环境恶劣，事业尚在草创时期所以争权夺利的斗争并不严重，但随着太平天国取得军事上的巨大胜利、政权日趋稳固，斗争也就日益表面化，最终于1856年太平天国在军事上达到全盛时爆发了天京政变。

　　没有我的辛苦操劳怎么会有今天的太平天国？你洪秀全只不过是会胡诌几句胡话而已就被尊为天王，就算你是天王在我天父附体之后，不还是要趴在我面前听我使唤，哪还有一点儿天王的威风？那点小伎俩哄别人还可以，唬我就不必了。有什么道理让我一辈子屈居在这样坐享其成之辈的下面呢？皇权的诱惑永远都是那样的迷人，杨秀清在给自己找到充分的理由后就开始行动了。

　　1856年七、八月间，杨秀清借天父附体召天王到东王府听令，洪秀全来到东王府，杨秀清以天父的口气责问道：“尔与东王都是我子，东王有咁大功劳，何止千岁？”
　　洪秀全对曰：“东王打江山，亦当万岁”。
　　天父曰：“东世子岂止千岁？”
　　洪秀全对曰：“东王既万岁，东世子也是万岁，且世代都万岁！”
　　天父喜曰：“我回天矣！”
　　杨秀清逼封万岁事件发生后洪秀全不甘心任其摆布，于是就密令正在江西和湖北进行军事指挥的韦昌辉、石达开二人班师勤王。由于韦昌辉与杨秀清积怨甚深，所以他在接到密令后迅速带兵赶回天京。韦昌辉在天京事变中之所以对杨秀清如此残忍，要将他赶尽杀绝与杨秀清本人的作为是有着密切关系的。
　　杨秀清在太平天国定都南京之后骄横跋扈、“威风张扬，不知自忌”，屡屡折损韦昌辉，但是韦昌辉为了保全自己，一直忍气吞声不仅没在杨秀清面前露出不满情绪，反而千方百计地讨好他。他常在杨秀清面前装出“尚有惊恐之心，不敢十分多言”的样子，在与杨秀清讨论问题时 “论事不及三、四语”必跪谢曰：“非兄教导，小弟肚肠嫩，几不知此”。当韦昌辉的哥哥与杨秀清的妾兄争夺住宅时，杨秀清要杀韦昌辉的哥哥，韦昌辉比他还绝，直接向杨秀清建议说：“请以五马分尸，谓非如此，不足以警众”。就这样，他通过近乎残忍的伪装麻痹杨秀清。

　　杨秀清屡屡侮辱韦昌辉固然不对，但韦昌辉的政治手腕着实拙劣。在强烈的复仇情绪支配下，杀戮成为他解决一切问题的办法。对韦昌辉来说，似乎只有大肆的杀戮才能发泄自己心中的仇恨，才能安慰他极度恐惧的心灵，而作为一名政治人物这样做显然是不合格的。
　　韦昌辉先在夜里包围了东王府，带着强烈的复仇情绪，杀死杨家上下男女老幼一切人等数千人。韦昌辉在杀死杨秀清之后，他本人也取杨秀清而代之大权独揽。韦昌辉进入南京城后，在两个多月的时间里南京城共有两万余人被杀害。如此大规模的肆无忌惮的屠杀，不禁让天京城内人人自危。
　　本来一直处于观望状态的石达开在天京变乱后匆匆赶回，石达开抵达南京后对韦昌辉的杀戮表示不满（其实看到这种情形,稍微有点良心的人都会表示不满）。面对石达开的责怪韦昌辉对他也顿起杀心，石达开仓皇缒城而逃，韦昌辉于是就将石达开留在天京城内的一家老小全部杀害。
　　洪秀全看到韦昌辉的专横暴戾较之杨秀清有过之而无不及，大肆屠杀无辜又让他不得人心，于是就有了除掉他的意思，特别是出逃之后的石达开带着自己的军队开赴天京，要求洪秀全捕杀韦昌辉，否则攻灭天京城的举动，不得不让洪秀全慎重考虑如何对待韦昌辉了。
　　现在一切矛头都指向了韦昌辉，让洪秀全觉得确实有必要除掉他了，于是就下旨斥责韦昌辉。韦昌辉大骂洪秀全借刀杀人、过河拆桥，于是带兵攻打天王府但最后还是被洪秀全拘杀，人头被送往石达开处。洪秀全确实是借刀杀人，但也没要你杀这么多人呀，现在也该知道政治不是那么好玩的吧。不会玩政治又位高权重确实不是什么好事，可怜的韦昌辉不仅把小命玩没了还没留下好名声。

　　最后历时两个多月的天京变乱以处死韦昌辉，迎回石达开而告以段落。
　　天京变乱后，太平军中已经有了“天父杀天兄，终归一场空，打起包裹回家去，还是当长工”的顺口溜了；清军中也开始流传“天父杀天兄，江山打不通，长毛非正主，依旧让咸丰”之类的顺口溜，可见这次变乱对太平天国影响之恶劣。
　　前面已经提及石达开是诸王之中最得人心的一个，回到天京的石达开众望所归，文武大臣纷纷拥戴其主持大局。况且现在太平天国的创始人也就只剩下洪秀全、石达开两人了，石达开第二就没人敢说第一，他也就顺理成章的在南京城内总理朝政。
　　经历此次变乱的洪秀全，面对眼前的石达开心情十分矛盾。杨、韦二人的所作所为历历在目，石达开越是人心所向、位高权重他就越感到不舒服，经历变故的洪秀全除了亲信之外对谁都极度的不信任，特别是对石达开猜忌极深，总担心他成为杨秀清第二。
　　在皇权体制下，除了皇权以外的任何权力都是要被牵制的。对最高统治者来说一般都有着“用人唯贤是为了发展，用人唯亲是为了稳定”的心理需求，再加上洪秀全身边又有一帮小人不断进谗，洪秀全也就不可避免的要安排亲信牵制石达开。

　　当时洪秀全用他哥哥洪仁达和洪仁发牵制石达开，两人若是精明干练之才也就罢了，只可惜他们两人基本上都属于德才皆不备，拿着显微镜从他们身上都找不出半点儿优点的那种人，他俩掌权之后带头败坏朝纲、贪污腐化、胡作非为，如此一来太平天国更是人心渐失，越来越走下坡路。
　　这一切都让作为太平天国开创者的石达开感到极度的不适应，特别是眼睁睁的看着朝政被一群奸佞小人把持而自己却无能为力，心岂止是在流血？他最终选择了逃避，逃避这残酷而又无奈的现实。在天京呆了大半年的时间后，石达开率领大批精锐军队离京出走。洪秀全真的很庆幸有这么一个兄弟，只是选择离开并没有像杨、韦二人一样逼宫，够哥们、讲义气！但洪、石二人的矛盾最终还是表面化了。

　　毕竟石达开是太平天国中极具影响力的人物，事情发生后作为天王的洪秀全还是要有所表示的。石达开离京出走后，洪秀全一方面削去两位哥哥的爵位，一方面给石达开送去一道“义王”金牌表示尽弃前嫌。但两人都知道还是走了好，你好我也好，也许这是两人之间最好的结局。
　　带兵出走的石达开率领10余万人的大军转战江西、浙江、福建、两广等11省，历时6年之久， 但是却屡被清军所败，他本人以及部下都普遍产生了悲观、失望的情绪，很多部下纷纷脱离石达开辗转回到江西与李秀成领导的太平军汇合。
　　1863年5月14日，石达开率领三、四万大军进抵大渡河边的紫打地，准备直取成都，但是夜间河水陡涨数丈无法渡河。清军赶至与当地土司将其团团包围，石达开几次抢渡都未成功，死伤一万余人。
　　石达开自知身陷绝境，在6月3号这一天指挥全军突围、抢渡，结果还是失败。石达开的部下死伤过半、弹尽粮绝，将士们“杀马而食，继以桑叶充饥”，甚至还出现人吃人的现象。
　　6月9号清军攻陷太平军大本营打紫地，石达开率领七、八千人突围至老鸦漩。此时的石达开自知没有生路，“其妻妾五人，抱持幼子二人，携手投河”，此时的清军高悬“投诚免死”的大字标幅，对其进行招降。石达开当时非常的矛盾，他本想一死了之，但是想到身后的数千将士又不忍心。