福建水师从漳州、泉州起航，登陆澎湖列岛中的吉贝屿与镇海屿，并在镇海屿上修筑起一座石堡，作为进攻荷兰人的前线基地。荷兰人的基地在澎湖岛，这个岛也是澎湖列岛中最大的岛屿，这里有个海湾称为风柜仔，红毛城就修筑于此。对于这次军事行动，南居益的定位是以武力威慑为主，以达到不战而屈人之兵的目的。只要荷兰人放聪明点，知难而退，自动放弃澎湖岛，那么就大功告成了。因此，尽管中国军队摆开大举进攻的架式，但实际上就只是架式罢了，除了零星的交火外，并没有大规模的交锋。

　　可是荷兰人未没有知难而退的迹象。中国军队虚张声势地发动佯攻，希望以这种威慑手段吓唬荷夷，但效果微乎其微。福建水师的行动持续了一百天，到四月份，南居益开始感到担忧，一则是师久无功导致士气下降，二则是因为缺乏足够的军费打一场旷日持久的消耗战。巡抚大人亲自渡海抵达前线，重新制定武装收复澎湖岛的计划。他仔细查看地形，拟定一个方案：一部分军队在澎湖岛登陆后，威胁荷兰城堡与战船，水师则在镇海港严阵以待，等待有利风向出现时，与陆师合力夹击。

　　此时中国军队在数量上要远远超过荷兰人。据《巴达维亚日记》中的记录，南居益已经集结了一万名士兵与两百艘船，包括运兵船、炮船与火船。更可怕的是，这次军事行动得到朝廷的支持，除福建外，包括广东、南直隶的水师也在做准备，一旦有必要也将投入到战争中。
　　荷印巴达维亚总部方面作出了如下评估：“我们考虑到中国人的坚强决心，及兵力之强大与我方力量之弱小，考虑到如下决心等待到最后，将会发生极大的困难而无法解救；另外也考虑到我方船舶在澎湖湾内无法避开中国的火船。他们派船前来，不仅我方无法在陆上守住城堡，在水上亦将被围，且因有炮船和火船，我船非冒巨大危险不能开进湾内，这样守城士兵将完全与船隔绝，即使暂时可守住城堡，终将被围而陷落……因此，决定在与中国兵开火前先自澎湖岛退出，……我们决心作出即使蒙受巨大耻辱、损失和侮辱这样的让步。”

　　在这个关键时刻，荷印巴达维亚总部做出一个决定，由马尔登•宋克接替雷约兹，接管了澎湖列岛的事务，这大概是担心雷约兹司令狂妄自大，擅自做出与中国军队全面开战的决定。宋克抵达澎湖时，发现这里已经像是一个大火药桶了，随时都可能引爆，他及时地把自己到任的消息通知中国一方，并且请求谈判。中国谈判代表坚持荷兰人必须要拆毁城堡，离开澎湖，倘若做不到这点，那就在战场上见分晓。

　　宋克也明白，要守住澎湖实际上是不太可能了，但这个狡猾的狐狸仍然希望能捞到些好处，他提出撤出澎湖岛的条件：中国方面允许与荷兰人在台湾大员与巴达维亚开展贸易，并禁止商船开往马尼拉等西班牙、葡萄牙控制区。
　　日期：2011-07-23　10:14:50
　　第二章 澎湖之役（14）
　　这里值得注意的一点是，福建当局对于荷兰人撤往台湾大员沙洲是持默许的态度，不过也有反对者，代表人物便是俞大猷的儿子俞咨皋，他曾多次要求荷兰人完全撤出澎湖与大员。但大多数官员显然明白，荷兰占据澎湖两年，绝不会空手而返，如果不能给他们提供一个去处，这群强盗是不会心甘情愿返回巴达维亚的。如果可以稳操胜券，南居益自然也不愿意让荷兰人呆在大员，卧榻之旁有人酣睡着是不舒服的，可是巡抚大人尽管摆开进攻的架式，却没有勇气发起象样的进攻。原因很简单，在将近两年时间里，除了一次不太光明正大的算计之外，福建水师从未打赢过荷兰舰队。

　　尽管有些数据对比让人很不舒服，可是我还是罗列出来。荷兰在福建沿海两年遭遇的伤亡人数，还不如进攻澳门时两个小时的伤亡人数。在澳门与葡萄牙人两小时的战斗中，荷兰战死一百三十八人，被俘四十余人，而在与福建军队的交锋中，死亡与被俘人数不会超过一百五十人，这里还包括非战斗性的死亡人数。
　　文人出身的南居益没有郑成功那样坚不可拔的决心，否则他就是旷世英雄了。只是人的成就决不会逾越其心灵的高度，南居益的内心高度远不及郑成功，因此决定他的成就也无法望其项背。能收复澎湖，对他来说就万事大吉了，说到底他还是帝国老官僚，倘若他非要把荷兰人赶出台湾大员，那么红毛势必要狗急跳墙，拼死一战，这样鹿死谁手就难以定论了。

　　荷兰人在中国军队的重重包围之下，仍然狮子大开口，这令明荷双方谈判陷入僵局。在这个时候，有一个人出面了。
　　这个人在荷兰人的记录中称“支那甲必丹”，这其实是日本人对华人海商头领的一种称呼，这位甲必丹是大海商李旦。李旦是一个很传奇的人物，他原本是泉州人，早年在吕宋经商。1603年西班牙殖民者担心吕宋华人势力太强，大开杀戒，约有二万五千名华人死于非命。在这次事件中，李旦侥幸未死，但被西班牙人投入监狱并没收财产。李旦后来到了日本平户，东山再起，成为华人海商集团领袖。由于荷兰人与西班牙人势不两立，他自然选择与荷兰人结为盟友，雷约兹的舰队占领澎湖后，扰掠福建沿海，曾邀请李旦相助，李旦派出自己得力的助手、义子郑芝龙以翻译的身份前往澎湖岛打探虚实。南居益主事福建后，也积极争取李旦为己所用（《明史•南居益传》），这位大海商是明、荷双方都极力讨好的人物，因而他便成为明、荷谈判调停的最合适人选。

　　李旦对宋克提出建议，在谈判条件中删去“禁止中国商船开往马尼拉”这一条，因为这一条款是对中国方面的威胁，南居益绝不可能答应。特别是明军在兵力上居于绝对优势的情况下，中国一方更不可能作出让步。荷兰人不再坚持己见，同意拆毁城堡，退出澎湖列岛。值得注意的一点，中国方面并没有与荷兰人签订任何书面上的条约或协定，这无疑令荷兰人很不习惯。宋克曾派人与明军代表谈判，想签订正式的协定，可是中国代表认为毫无必要，因为有信件与口头承诺，这已经足够了。

　　日期：2011-07-24　09:55:25
　　第二章 澎湖之役（15）
　　大明帝国在外交上与欧洲国家有着很大的差别。欧洲国家十分注重签订条约，并对细节严加推敲，未来若出现纠纷，则以条约文本为准则。大明帝国的外交思维则是不同的，很少对细节有明确的规定，弹性空间比较大，这种不够审慎的粗放型外交为日后的争端留下很大的后患。对南居益或福建当局来说，不愿意与荷兰人签订详细的协约，而只是以口头约定的方式，除了外交方式不同外，或许还有避重就轻的想法。

　　在两个重大问题上，福建当局的态度都是含糊不清。第一个问题，中国与荷兰是否达成正式的贸易伙伴关系呢？在荷兰人撤往台湾大员后，福建当局遵守承诺，发商船往大员贸易，但是这种贸易仅仅是福建当局默许下的贸易，并不具备坚定的合法基础，因此在后来，双方关于贸易仍然残留很多问题，最后不得不又通过战争的手段来解决。